Les Navajos parlent encore la langue ancestrale qu’ils pratiquent depuis des siècles. La langue Navajo est dérivée d'un dialecte appartenant au groupe des langues athapascanes. Des recherches ont montré l'existence d'un rapport entre les deux tribus et les anciens pétroglyphes trouvés dans la région du Sud-ouest sont encore reconnus et compris par les Navajos modernes La langue Navajo a la réputation d'être l'une des plus complexes et des plus difficiles à apprendre. Bien qu'elle soit proche de la langue apache, elle n’a aucun rapport avec les autres langues indiennes. La première transcription connue de la langue Navajo parut en 1849 dans le Journal of a Military Reconnaissance du lieutenant James H. Simpson qui comprenait une liste de mots.

Les missionnaires élaborèrent et créèrent différentes orthographes et syntaxes mais, avec la publication de divers textes religieux et dictionnaires, force fut de constater la nécessité de créer un alphabet standard. John Collier, directeur des Affaires indiennes, et Willard Beatty, responsable de l’Education des Indiens, embauchèrent quatre personnes pour créer l’alphabet Navajo ainsi que des publications et des documents linguistiques. L’incitation à l’alphabétisation et l’alphabet nouvellement créé ne furent pas très appréciés des membres de la tribu